環境大臣意見では、
（１）水環境に対する影響について、本事業の実施に伴う那覇港内の埋立て、防波堤の整備等により、潮流や潮汐の変化が見込まれることから、詳細な潮流、潮汐、水質及び土砂堆積シミュレーションによる予測及び評価を行い、その結果を踏まえて、水環境に対する影響を回避又は低減すること
（２）動植物及び生態系に対する影響について、埋立てに伴う直接改変及び水環境の変化による影響が懸念されるため、最新の知見及び専門家の助言等を踏まえ、工事による改変区域を最小限とするとともに、代替施設等に海水の通水機能を持たせる等、構造上の工夫を検討すること。また、海藻類や海草類、サンゴ類等の希少な種が改変区域で確認された場合、これらへの影響の回避又は低減を検討し、これが困難なときは移植等について慎重に検討を行い、適切に措置を講ずること。さらに、侵略的外来種の非意図的侵入・拡散を防ぐよう留意すること
（３）人と自然との触れ合いの活動の場への影響について、想定区域の東側に位置するカーミージー及びその周辺海域は、地域住民の憩いの場、環境教育の場、レクリエーションの場として活用されているほか、地元関係者による自然環境の再生の取組が実施されているため、これらの活動への影響について、調査、予測及び評価を行うとともに、地元関係者と調整を十分に行うこと
　等を求めている。